全國港澳研究會於2013年12月6日在北京成立並舉行首次會員代表大會。全國人大常委會港澳基本法委員會、教育部、香港中聯辦、澳門中聯辦、廣東省港澳辦和中國社會科學院、北京大學、清華大學、中國人民大學、中山大學的有關負責人應邀出席。大會審議通過了研究會章程，並選舉產生了第一屆領導機構，共選出43位理事。其中，原國務院港澳辦副主任陳佐洱當選為會長，王振民、劉兆佳、齊鵬飛、吳志良、陳多、陳廣漢、饒戈平、郭萬達、黃平當選為副會長。

全國港澳研究會是港澳回歸後第一個全國性的港澳研究學術團體，由國務院港澳事務辦公室港澳研究所發起成立，匯聚了內地各高校、科研機構從事港澳研究的240餘名專家學者，以及40名香港特邀會員和13名澳門特邀會員。研究會將致力關注研究港澳基本法和港澳其他政治問題，以及經濟、民生、社會、文化、歷史、教育等全方位的問題。

國務院港澳辦主任王光亞在成立大會上致辭時表示，祝願研究會成為推動港澳研究的“領頭人”、服務專家學者的學術平台和培養港澳研究人才的“搖籃”，為“一國兩制”事業向前推進貢獻智慧。會長陳佐洱介紹了研究會成立的三點考慮：一是從歷史、現實和未來的角度來看，中國的香港、澳門都值得深入研究；二是學術界開展港澳研究具備良好基礎；三是順應學術界要求。他並指出，作為港澳研究領域的學術團體，全國港澳研究會接受國務院港澳辦的業務指導，但與港澳辦並沒有行政隸屬關係。研究會根據章程的規定自行開展活動，凡認同研究會章程、在港澳研究領域有一定資歷和影響力的內地研究機構和個人，可自願報名加入研究會。同時，研究會邀請從事學術研究或具學術背景的港澳人士作為特邀會員。北京大學教授饒戈平、香港中文大學教授劉兆佳、本會行政委員會主席吳志良，分別代表三地的會員代表發言。

研究會並於12月7日舉行《港澳研究》創刊首發儀式暨首次學術年會，來自內地和港澳的100多位學者出席並參加研討，會議以“2013年港澳形勢回顧與展望”為主題，分為主題演講和專題討論兩部分進行。主題演講分為兩節，首節由香港前中策組首席顧問劉兆佳主持，並由“一國兩制”研究中心總裁張志剛、香港基本法委員會委員劉迺強、中銀香港發展規劃部經濟及政策研究主管王春新分別發表演講。第二節由本會主席吳志良主持，與澳門大學法學院駱偉建、本會研究所副所長楊道匡等，介紹澳門政法及經濟問題。同日下午繼續舉行題為“政法與行政專題研討”與“經濟社會專題研討”兩場的專題討論，由香港基本法委員會委員陳弘毅、饒戈平、中國人民大學台港澳研究中心主任齊鵬飛、清華大學法學院院長王振民等擔任主持。